Zabezpečuje strategické a koncepčné činnosti zamerané na budovanie, koordináciu a podporu regionálneho inovačného ekosystému prostredníctvom platformy Inovačného centra BBSK. V rámci svojej pôsobnosti plní úlohu sprostredkovateľa a integrátora spolupráce medzi vzdelávacími inštitúciami, podnikateľským sektorom, výskumnými tímami, samosprávami a ďalšími relevantnými aktérmi. Jeho hlavným cieľom je systematický rozvoj inovačných kapacít kraja a vytváranie podmienok pre aplikáciu inovatívnych riešení s regionálnym dopadom.
Kľúčové aktivity oddelenia sú zamerané na podporu vzdelávania a rozvoja talentu, rozvoj projektov a financovania a koordináciu siete regionálnych tzv. Living Labs. Tieto činnosti prispievajú k zvyšovaniu konkurencieschopnosti a inovačnej výkonnosti hospodárstva, k zmierňovaniu nedostatku kvalifikovaného ľudského kapitálu a k efektívnejšiemu prepájaniu vzdelávania s potrebami trhu práce. Realizácia činností oddelenia prebieha v súlade s Integrovanou územnou stratégiou BBSK, pričom tieto činnosti prispievajú k zvyšovaniu konkurencieschopnosti regiónu, zmierňovaniu nedostatku kvalifikovaného ľudského kapitálu a k tvorbe nových pracovných miest v súlade s Integrovanou územnou stratégiou BBSK.