Oddelenie zdravotníctva vydáva povolenia pre zdravotnícke zariadenia a lekárne v Banskobystrickom kraji. Vykonáva aj ďalšie aktivity súvisiace s biomedicínskym výskumom a zdravotnou starostlivosťou.
Oddelenie zdravotníctva plní úlohy štátnej správy v oblasti zdravotníctva a humánnej farmácie, hlavne však vydáva povolenia na prevádzku zdravotníckych zariadení a poskytovanie lekárenskej starostlivosti, organizovanie lekárskej služby prvej pomoci a lekárenskej pohotovostnej služby, schvaľuje ordinačné hodiny a aktualizuje register zdravotníckych zariadení.
Oddelenie zriaďuje etickú komisiu na posudzovanie etickej prijateľnosti projektov biomedicínskeho výskumu a etických otázok vznikajúcich pri poskytovaní zdravotnej starostlivosti.